峨眉山地外多种自然要素的交汇地区，得天独厚地形成丰富的植物种类和复杂的区系成分，垂直带谱也很明显。景区内保有原生常经林18万亩，已知的高等植物拥有3230多种，约占中国植物总数的十分之一，占四川全省植物总数的三分之一，相当于欧洲大陆的三倍。植物中苔藓植物45科、332种；蕨类植物47科、507种；裸子植物8科、27种；被子植物142科、2375种。大部分植物且有较高的观赏价值，我国十大传统名花无一不有。其中杜鹃、兰花竟拥有160多种。杜鹃花是一大属全世界约有800多种，70%产于我中国四川、云南、西藏、横断山脉一带，是世界杜鹃花的发祥地和分布中心。峨眉山属横断山系，有杜鹃花名贵品种30种，而北美洲仅有24种，欧洲只有9种，大洋洲少到1种。峨眉山兰科植物约有126种、49属，春有春兰，夏有蕙兰，秋有建兰，冬有墨兰，四季兰香，香溢四野。此外尚有佛兰、峨眉红门兰、佛手兰、蝉兰等名品多种。轻工、化工、食用植物药用植物达2000种之多。所以被誉为世界植物资源的宝库。
    峨眉山植物特有品种丰富。景区拥有量中约有10%的属于峨眉山特产或中国特有。首次在峨眉山发现，以“峨眉”为词头的植物多达100余种。如峨眉拟单性木莲、峨眉山莓草、峨眉柳、峨眉矮华、峨眉胡椒等。
　　峨眉山植物的另一特点是区系成分复杂，起源古老，单种科、单科属、少种属和洲际间断的类群多。如珙桐、银杏、连香树、水青树、独叶草和领春木等，在植物分类上都是独立的类群，植物形态上都保持了一定的原始特征。又如木兰、木莲、含笑、石栎、铁杉、万寿竹、石楠、五味子等，是与北美洲相对立的间断分布类群，这些都是1亿年前延续下来的珍稀物种。国家已列级保护的31种，急待列级保护的尚有232种之多。
　　峨眉山植物区系的复杂性更反映在组成上，既有中国—日本植物区系成份，又有中国—喜码拉雅植物区系成分。而且热带、亚热带成分在这里会聚一堂，融合为奇特的自然景观。如热带、亚热带常绿树种中的栲、石砾、木莲、柃木等可上升到海拔2200米以上；属于寒温性、温性的冷杉、铁杉等又可下降到海拔1800米的高程，与温性碱、桦等杂为一丛，形成峨眉山山地奇特的五花林，又称针、阔叶林带。由于植物物种的多样性，造成了群落组成结构的复杂性和群落类型的多样性。
    峨眉山的森林植物群落具有乔木、灌木、草甸、地被和层外层发展而结构完整的特点。各层种类很难由单一的优势种组成，多为多优势种竞相增色，林相色彩丰富。从低至高由常绿阔叶林—常绿与落叶阔叶混交林—亚高山针林形成完整的森林垂直带谱。全山森林覆盖率达87.2%，是当今地球上亚热带山地保存最完好的原始植被。并保存树龄在千年以上的名木古树70余种，株以万计。如崖桑、大椿、连香树、百日青、白辛树、黄心夜合、楠、栲、冷杉等重要林木眼种质资源。在这纵横仅只154平方公里的区域内，蕴藏着丰富奇特的植物种质资源，完整的植被类型，这在中国乃至世界均属稀有和罕见。
    景区内尚保有原生的、以稀有种属为主体的群落区域，已划为珍稀植物保护区和植物景区和植物景观保护区5处，总面积约12000亩。